En Hablando de Ciencia: El asco hecho cucaracha

En realidad el título debería ser por qué nunca me planteé estudiar biología… A mi historia del pájaro-murciélago que entró hace un año en mi cocina, se suma la experiencia paranormal del otro día: Me encontraba lavando los platos del fregadero, cuando un horripilante monstruo me agredió desde el fregadero. Grité, tiré lo que tenía entre las manos y me fui. Tanta impresión me dio que me daba miedo asomarme de nuevo y…, sí, me arrastré por el suelo rescatando el bote de insecticida contra cucarachas y hormigas. Me incorporé poco a poco como si fuera una misión de camuflaje y empecé a echar insecticida como una loca (que soy). Y ya cuando preveía que no me iba a atacar, me atreví a volver a mirar, aunque no paré de echar el mata-cucarachas hasta que dejó de mover mínimamente cualquier apéndice.

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Referencia

Pai, H., Chen, W., & Peng, C. (2005). Isolation of bacteria with antibiotic resistance from household cockroaches (Periplaneta americana and Blattella germanica) Acta Tropica, 93 (3), 259-265 DOI: 10.1016/j.actatropica.2004.11.006

Química everywhere: Mis primeros western blots

El western blot es una técnica que se usa para detectar y cuantificar proteínas mediante una electroforesis en gel; la transferencia del gel a una membrana adsorbente y el revelado de la membrana mediante anticuerpos. Tal como se lee en la Wikipedia su nombre viene por alusión a otra técnica, el Southern blot, que a su vez tomaba el nombre de su descubridor (E. Southern).

La verdad es que, después de esta entrada completa y detallada sobre la técnica del western blot en Scykness, poco queda por decir, y sin embargo no me resisto a aportar mi granito de arena. He hecho mis primeros western (los de la carrera, si los hice, no cuentan :P), y supongo que un químico se enfrenta de distinta manera y se fija en cosas distintas a las de un biólogo o bioquímico. Que nadie se ofenda, y sentiros muy libres de corregir :)

Así que aunque existen muchas maneras y tipos de hacer cada uno de los pasos de que consta la técnica de western blot, me voy a centrar exclusivamente en los pasos que seguimos para cuantificar la enzima alfa-galactosidasa o GLA (que se usa para el tratamiento de la enfermedad de Fabry). Es decir, solo queríamos cuantificar una única proteína, por un método ya establecido y usado varias veces.

Pero vayamos poco a poco… ¿A qué nos referimos con la palabra “gel”? En la mayoría de los casos se trata de un polímero en forma de red que nos sirve para “cargar” nuestras proteínas y separarlas. En este caso los geles usados eran de acrilamida junto al agente reticulante, de manera que finalmente obtenemos una “red” de poliacrilamida. Como queremos que toda la muestra empiece el recorrido a la vez, podemos usar un gel que tenga dos partes diferenciadas: el stacking y el running. En realidad solo se distinguen por la concentración en acrilamida. En el stacking tenemos los pocillos en los que cargamos la muestra, y cuando llega a la frontera con el running se paran hasta que apliquemos la corriente eléctrica. Tal como explica Óscar en el comentario abajo: El stacking gel tiene menos concentración de acrilamida/bisacrilamida para dejas pasar fácilmente todas las proteínas. Cuando llegan al Separating o running gel, se apelotonan y comienzan a migrar mas despacio, pero entran casi todas a la vez. Tanto para que pasen el stacking como para el separating se requiere corriente. No llegan solas al running gel. Incluyo las correcciones de Óscar en color azul.

Lo que parecen almenas representan los pocillos del stacking. Separating gel equivaldría a lo que llamamos running

Antes de cargar la muestra, la mezclamos con el tampón de carga, que básicamente contiene SDS y urea (desnaturalizan la proteína presente y la dejan lista y preparada para la electroforesis en gel. En este caso se pone SDS, un detergente, porque se trata de un gel desnaturalizante. Se pone por tanto no solo en la muestra sino también en el propio gel. Pero existe otra forma de hacer los geles de forma nativa. No se añade sds y los marcadores son distintos porque no solo migran por tamaño sino por Punto isoeléctrico.) y el glicerol, que es un muy importante… Porque los geles se colocan en vertical en una cubeta llena de líquido (el tampón de electroforesis)… Los pocillos son muy pequeños y has de cargarlos en el interior del tampón con una punta de micropipeta. El glicerol es una molécula “pesada”El glicerol no es mas pesado, es mas denso y arrastra la muestra al fondo del pocillo. que hace que nuestra muestra no se escape del pocillo hacia arriba sino que caiga dentro y siga su recorrido por el stacking.

Cargando la muestra en los pocillos. El color azul ayuda a ver cómo hemos cargado el pocillo El colorante azul nos ayuda a ver como hemos cargado el pocillo y por donde va la migración... pero no solo eso. Es un indicador de pH. Si se pone amarillo, nuestras proteínas migrarán en sentido contrario, es decir, se saldrán por arriba. En ese caso debemos neutralizar con hidróxido sódico o algo parecido el pH de la muestra hasta volverla de nuevo azul.

Una vez tenemos listos nuestros geles con la muestra dentro de la cubeta, conectamos los electrodos y aplicamos una determinada corriente eléctrica durante el tiempo necesario para separar las proteínas. ¡Un momento! ¿Cómo vemos que está pasando lo que tiene que pasar? En cada gel no solo se carga la muestra, sino también una recta patrón y lo que se llama el marcador molecular. El marcador contiene muchas proteínas con una tinción visible, las proteínas del marcador al separarse en el gel, nos permiten ver que todo está saliendo bien. Hasta que no revelemos nuestra muestra con anticuerpos, no podremos ver dónde ha quedado nuestra proteína en el gel.

Aquí puedes ver la colocación en la cubeta para hacer la electroforesis

Pero antes de revelar, necesitamos transferir nuestro gel a una membrana absorbente, que está hecha ¡de nitrocelulosa! La nitrocelulosa, o nitrato de celulosa o celuloide puede formar una base transparente que se emplea en las emulsiones de las películas fotográficas. En el caso de un western blot interesa que las bandas del gel (la mayoría invisibles todavía para nosotros) se transfieran a la membrana. ¿Cómo? Introduciendo los geles y las membranas en un sistema “sandwich” (una vez más, lo tienes explicado en más detalle en Scykness) y otra vez en la cubeta con un buffer o tampón de transferencia. Aplicando electricidad, conseguiremos transferir las bandas del gel a la membrana: todo listo para empezar a trabajar con los anticuerpos.

Los anticuerpos son moléculas que reaccionan muy específicamente a su antígeno, en este caso, hemos seleccionado un anticuerpo de conejo anti-GLA; es decir, que su antígeno es la GLA, por lo que podemos esperar que se una selectivamente a la proteína de nuestras muestras. Pero además vamos a ayudarlo: porque si la membrana de nitrocelulosa es buena como para que se “peguen” las proteínas desde el gel, también lo será para que reaccione con el anticuerpo primario y eso no nos interesa…Empezamos con el paso de bloqueo, que consiste únicamente en introducir nuestra membrana en leche, que tiene montones de proteínas que se unirán a la membrana, inactivando todos los sitios a los que podría unirse el anticuerpo. Así nos aseguramos de que el anticuerpo se una casi exclusivamente a la GLA.

Pero seguimos sin ver nuestras bandas… Necesitamos el anticuerpo secundario: un anticuerpo de anti-conejo (para que se pegue al anticuerpo primario) y que además contiene la enzima peroxidasa. Ahora solo falta añadir los reactivos para que se produzca la reacción quimioluminiscente: el luminol y el peróxido de hidrógeno (o agua oxigenada). La enzima peroxidasa en presencia de agua oxigenada cataliza la oxidación del luminol. ¿Te suena? Efectivamente: es la reacción preferida de CSI.

Finalmente, con el programa Quantity One podemos sacar fotos de nuestra membrana de nitrocelulosa revelada a base de anticuerpos, y hacer una densitometría de las bandas de proteína. El programa integra el área de la banda, haciendo el sumatorio de la intensidad de cada pixel.

Y así, amigos y amigas, podemos saber cuánta GLA hemos encapsulado haciendo ciencia básica, que con un poquito de suerte y un muchito de trabajo, queremos conseguir que llegue a ser un tratamiento para la enfermedad de Fabry. ¿Por qué me he empeñado en daros la brasa con el western blot? Porque me resultó muy intrigante encontrar membranas de nada menos que celuloide seguidas por el luminol, que me trajo a la memoria el XXIV Carnaval de Química, y si no leed lo que en su momento escribió @cuantozombi:

La química, la música y el cine. 

La temática de los artículos que participan en el carnaval es libre, pero es vuestra oportunidad de demostrar la influencia de la química en el cine y en la música. No solo en el contenido de películas, productos televisivos o álbumes musicales, sino también en la tecnología usada. Como la semana me ha dejado corto de imaginación, os pongo algunos ejemplos cercanos:·         Roskiencia, el mayor exponente de la cantera de la divulgación, nos habló hace poco del luminol, la herramienta favorita de la legión de CSIs que llena nuestras pantallas.·         Ununcuadio nos habló de la química del cine y su volatilidad.·         Y no podía dejar fuera al organizador del primer carnaval, no es una historia nueva, pero hace poco alguien la sacó del baúl de los recuerdos: ¿Por qué el Dr. Manhattan eligió a Bohr? Aunque ya se que Watchmen es un comic –y qué comic–, también es película y no hay que ser muy estricto.

Por eso: la próxima vez que hagas un western blot, sonríe y piensa en cine (en La invención de Hugo o Malditos bastardos aparece el celuloide), o bien en tus series favoritas de CSI o ya asociándolo a @cuantozombi en The Walking Dead xDD

Este post participa en la Edición XXXV (Edición del Br) del  Carnaval de Química, cuyo anfitrión es Ángel Rodríguez (@1797Angel) en su blog CIENCIA PARA TODOS y en la XXX Edición del Carnaval de Biología que acoge Activa tu Neurona

Para saber más:

Sobre el celuloide: lo más completo y divulgativo lo encontrarás en ISQCH.

Sobre los western blot: una vez más te enlazo la estupenda entrada de Scykness. Por si quieres algo más técnico, relacionado con la cuantificación de GLA, puedes consultar este artículo: Corchero, J., Mendoza, R., Ferrer-Miralles, N., Montràs, A., Martínez, L., & Villaverde, A. (2012). Enzymatic characterization of highly stable human alpha-galactosidase A displayed on magnetic particles Biochemical Engineering Journal, 67, 20-27 DOI: 10.1016/j.bej.2012.05.003

También he consultado las entradas en inglés de la Wikipedia: Western blot y gel electrophoresis, de donde he sacado la mayoría de las imágenes para este post.

Romance del prisionero (anónimo)

Esto es lo que siento porque el laboratorio en el que estoy trabajando en esta temporada está en un sótano en el que no hay ventanas ni tragaluces al exterior, así que salvo porque llevo reloj podría ser que ni sé cuándo es de día ni cuándo las noches son además de que tampoco tenemos avecillas que nos canten. Por eso, la llegada del buen tiempo se nota en el calor (en serio, el despacho es un horno infernal) pero verlo, verlo, solo por las mañanas cuando vengo o las tardes cuando salgo. Lo sé apropiarme de este romance del prisionero para mi situación es bastante egocéntrico..., pero así soy yo, y este es mi blog personal, en algo se tenía que notar. Me voy a suspirarle al equipo de HPLC, para recordarme que mañana empieza mayo:

Que por mayo era, por mayo,
cuando hace la calor,
cuando los trigos encañan
y están los campos en flor,
cuando canta la calandria
y responde el ruiseñor,
cuando los enamorados
van a servir al amor;
sino yo, triste, cuitado,
que vivo en esta prisión;
que ni sé cuándo es de día
ni cuándo las noches son,
sino por una avecilla
que me cantaba el albor.
Matómela un ballestero;
déle Dios mal galardón.

Ciencia y más ciencia

Para hacer ciencia

lo único que te hace falta

es un cerebro que piense.

Un experimento:

hipótesis, comprobación,

rectificación, validación

(y muchas matemáticas).

Todo lo demás es accesorio.

Hay científicos que necesitan

nano-pinzas para virus; otros

usan llaves inglesas para

cerrar herméticamente

sus reactores. Pero ambos

están haciendo ciencia.

La vista engaña: lo que

parece más primitivo

puede ser el invento más

sofisticado.

Porque la ciencia va de

construir inmensos telescopios

y echarle un pulso al Universo;

pero también ver átomo a átomo,

reacción a reacción.

En un inmenso túnel,

colisionar y descubrir

mini-partículas; destripando

los secretos más escondidos

de la materia.

Ordenadores super-potentes

para hacer cálculos interminables,

de todos los datos cifrados,

descifrarlos, entenderlos.

Mezclar esto con lo otro

cocinando “nuevos materiales”.

Estudiando las instrucciones

de cada especie viviente.

Buscando remedio a las

enfermedades, dando de

comer al hambriento,

de beber agua potable al

sediento. Son las

bienaventuranzas

del científico.

Esta entrada participa en el I Certamen de cuentos de ciencia organizado por el blog Cuantos y Cuerdas

La muerte

La muerte es la ausencia, y cómo duele… Tanto que cuesta hablar de ella.

El profesor de filosofía nos hizo leer Una pena en observación de C. S. Lewis. Me costó, no creas…, es un hombre al que se le muere la mujer y sus reflexiones. Pero te paras a pensar y es un trabajazo. Flipas cómo empieza el libro hablando de que nadie le explicó nunca que la muerte de un ser querido se parece más al miedo que a la tristeza. Bueno, todo lo que vaya a decir yo, ya lo dijo Lewis y él era profesor y no sé cuantas cosas más, así que…

Rodri era uno de los enfermos de mi planta. Parecía un crío pero me he enterado de que tenía alrededor de los cuarenta años. No hablaba: hacía ruiditos con la boca, y se balanceaba de un lado a otro. También se miraba fijamente la mano y movía los deditos. Si te acercabas a él, le hablabas, te rechazaba. A veces hasta te tiraba de los pelos, o te arañaba, o te pegaba al agitar los brazos y gritar. Y aún así creo que ejercía cierta fascinación sobre mí. Si no, no me explico lo que ha pasado.

Quizá es porque al dar de comer al señor Carlos, lo tenía al lado, en la misma mesa. Y al hablar con los otros, me sentía mal si no le dirigía la palabra. Claro que nunca parecía escucharme, pero una vez pasó algo raro, de esas cosas que solo me pasan aquí. Después de saludarle, y de irle hablando, cuando acabé de ayudar al señor Carlos, y estaba recogiendo bandejas y esas cosas, le dije:

-         - ¿Vamos, Rodri?

¡Y se levantó y vino conmigo de la mano! Solo fue una vez, nunca más pasó nada. Una vez me dio con las manos. Otra me arañó para que le soltara. También vi que se tiraba al suelo para que la Hermana le dejara. Quién lo hace de vicio es Blas, que ahora también está enfermo y en cama. Le daba de comer, y Rodri ni le chistaba, y como se atreviera a chistar, le daba un grito de aviso, y Rodri se comportaba. Eran una pareja sorprendente, porque se ve que Blas tiene retraso: en la cara, en la forma de hablar, y sin embargo, ahí estaba con su manera característica de agarrar la cuchara y metérsela a Rodri. Con determinación pero con firmeza. Acababan antes que yo con el señor Carlos. No sé, nunca me cansaba de mirarlos.

Pasó el verano. Yo estuve en la playa, y hasta que no empezó el curso no volví por el Cottolengo. Entonces me enteré de que Rodri había muerto el día anterior. Qué palo más grande. Los enfermos de mi planta estaban tristones. Incluso los que peor están que parece que no se enteran de nada…, esos también tenían caras largas: ¿se daban cuenta? Ver su hueco, su silla en la mesa, es duro. Muy duro. Cuánto duele tu ausencia, Rodri. ¿Cómo podías llenar tanto siendo tan pequeñito? Te echo de menos, Rodri. Todos te echamos de menos. Aunque en tu sitio haya otra persona, aunque Blas ahora ayude a otros, aunque todos requieran toda mi atención cuando voy de voluntario, que sepas Rodri, que te echo de menos. Me da miedo decir lo que voy a decir (debo de estar zumbado del todo), pero te envidio, Rodri: cómo hiciste tanto sin siquiera saberlo, cómo se nota que no estás aún cuando no siempre estuviera hablando contigo. Ahora es Blas quién está mal. Parece mentira que en tan poco tiempo me hayáis cambiado tanto y que os necesite tanto. 

Vía

(Este relato forma parte de la serie de Cuitas de un desdichado voluntario)

Exilio (variaciones del mismo tema)

Vía

Pensé que ya había pasado

bastante tiempo, que ya era

hora de dejar el luto y mis

reticencias. Podía cambiar

el estado de whatsapp,

borrar viejos números,

olvidar malos tragos.

¡Oh, mundo 2.0, global,

interconectado, te maldigo,

ojalá fuera más sencillo

perderse en una selva

amazónica para siempre!

Pero, supongo que aún

en el espacio exterior,

más allá de nuestra galaxia,

seguiríais enviando e-mails,

que por muchos filtros que

aplique, y aunque viviera

en un universo paralelo,

no sé cómo, alguno llegaría.

Para desesperarme,

destruirme, acribillarme.

Si no me encontráis a mí,

encontraréis a quien me

encuentre… Si no puedo

desaparecer yo, ¿cómo

volver invisibles a todos

a los que tienen un pedazo

viviente de mi corazón?

¿No basta destrozar por una vez, 

que tenéis que localizar a cada

uno de esos pedazos

esparcidos por esta tierra

nuestra? 

A todos vosotros,

os digo: el espíritu no muere,

la letra permanece, y no se

enciende un candil para

guardarlo bajo la mesa…,

lo que dijimos al oído

se escuchará en los terrados.

Y además de todo esto,

una última cosa: aunque

parezca vulnerable,

tengo la voluntad de

hierro, y si digo que

no quiero hablaros,

no lo haré. Ahora digo

que no volveréis a

hacerme daño, y así

se hará. 

Vuestros

esfuerzos son inútiles,

por si por economía

de energías, los queréis

invertir en otra cosa

(menos malvada y más

productiva). 

Por último,

no olvidéis que los hijos

de las tinieblas son más

astutos…, es decir:

todavía puedo venceros, no

os confiéis ni me subestiméis.

Gracias

Hedor

Lo que más me cuesta es el olor a enfermo. A veces te inclinas para dar de comer, y te viene una ráfaga de… No lo voy a describir. Muchos llevan pañal y a veces se hacen todo encima. Otras veces es otro tipo de olor, que incluso me resulta aún más asqueroso. No me siento orgulloso de esto, todo lo contrario: sé que se me tiene que notar en la cara que no estoy a gusto, por mucho que me esfuerce en ocultarlo y en no discriminar a los que a mi juicio huelen peor. Intento mostrarme más sonriente y más cariñoso, supongo que porque me siento culpable de querer alejarme a la otra punta del mundo.

Vía

Y sé que están limpios. Solo hace falta ver la organización que tienen montada: como una cadena de montaje, que permite hacer las cosas más fácilmente y con higiene. Los voluntarios se integran en esa cadena. Conste que son imprescindibles en cierta manera…, los días de fiesta que van menos, se nota que las Hermanas tienen menos ayuda, y que se acaba más tarde el turno de comida. Pero me estoy despistando. Estaba contando que sé que están limpios, porque he ido un par de veces en horario de tarde-noche, y he puesto pañales y pijamas. O sea que sé de primera mano cómo se cuida al enfermo (su intimidad en el baño) y la ropa que se echa a lavar. Puedo hacerme el héroe diciendo que he cambiado pañales a personas de la edad de mi abuelo o de mis padres; pero eso no sería del todo verdad. Quiero decir, que no ha sido para tanto. Que yo contenía el aliento para no oler y porque estaba nervioso y me sentía torpe intentando ponerle un pañal a un adulto; pero no ha sido la vez que he pasado más asco. Me supone mucho más dar de comer a alguno de los que apestan, que cambiarles un pañal. A ver si lo piensas en frío creo que todos elegiríamos la comida al baño; pero cuando lo haces: bueno, al menos a mí me cuesta menos. Debemos tener ahí una serie de prejuicios culturales o como se llamen, pero luego no es para tanto.

El olor es limitante. ¿Alguna vez has entrado en un comedor de niños? Huele a la vez a comida machacada, plastilina y niño junto? Repugnante. O a mí me lo parece. Y eso es más o menos lo que pasa en el Cottolengo, solo que en mi planta son personas mayores. Se junta el olor del puré, con el olor corporal de ellos, y algo así como el olor de hospital. Soy muy malo en reconocer olores…, solo me doy cuenta de ellos cuando me molestan. Pero también a veces identifico lugares con su olor: hay rincones que me huelen a la primera casa en la que viví; o cosas así. Hay un olor de bienvenida al Cottolengo, que no me huele mal. Me indica que he llegado a un sitio conocido y querido. Mi planta también tiene un olor especial, y ya no me desagrada. Salvo que tenga mal el estómago, que una vez me pasó que ya solo el olor del puré mezclado con… lo que fuera, me dio unas arcadas bestiales, y me tuve que ir. Gajes del oficio se llaman. Solo ha sido una vez. Suele ser soportable.

(Este relato forma parte de la serie de Cuitas de un desdichado voluntario)